Существует рекомендованное Компанией Microsoft ограничение длин полей:

http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa386991(VS.85).aspx

Но если изменить все-таки нужно, то проделать требуется следующее:

В реестре на сервере ЦС, сервере ЦР, Консоли управления ЦР по пути HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Crypto Pro\CC2 создайте параметр DWORD с именем "DisableRfc5280CertAttrsCheck" и установите значение "1"

Подробности в эксплуатационной документации: ЖТЯИ.00078-01 90 03. ПАК КриптоПро УЦ 2.0. Руководство по эксплуатации

Важно! Сертификат с измененными длинами полей будут работать не в каждой прикладной системе.